时间匆匆而过，两年的时间里，木叶发生了几件大事。
首先是三人之一的大蛇丸因为人体实验叛逃了木叶而被列为S级叛忍，而他离开的时候带走了孤儿院的一名名为药师兜的孩子。
而自来也在暗部追击失败的情况下单独追击大蛇丸而受伤，最后让大蛇丸成功离开了木叶，最后在忍界销声匿迹，之后一段时间自来也听说大蛇丸加入了一个神秘组织，为了找回大蛇丸，自来也踏上了寻找晓组织之路。
而第二件事就是三代火影宣布退休，而接任四代目火影的，正是号称金*闪光的波风水门，而在他上任不久后就娶了漩涡一族的公主漩涡玖辛奈，而且还有了他们的爱情结晶，再过一个月，他们的孩子也将出生。
而第三件事就比较离谱了，一向厌恶宇智波一族的团藏长老居然收了宇智波族长那还在襁褓中的小儿子佐助为弟子，同时还有日向一族日向日差的儿子，也同样成为了团藏的弟子，同时还对外
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